Ekstra atletik diadakan untuk mewadahi potensi siswa yang mempunyai bakat dan potensi di bidang olahraga khususnya atletik. Orientasi ekstra atletik adalah mengantarkan peserta ekstra menjadi juara Popda dan O2SN dari tingkat kabupaten hingga nasional. Selain itu mengantarkan atlet dapat masuk Pemusatan Pendidikan dan Latihan Olahraga Pelajar (PPLOP) atletik Jawa Tengah hingga menjadi atlet atletik nasional.

Ekstra atletik terdiri atas beberapa cabang atletik sesuai cabang lomba di Popda, yaitu cabang lari jarak pendek 100 m, 200 m, dan 400 m; lari jarak menengah 800 m, 1500 m, 3000 m; lari jarak jauh 5000 m; jalan cepat 5000 m; lompat jauh, tinggi, dan jangkit; lempar lembing, lempar cakram, dan tolak peluru.